Un  programme d’indemnisation est mis en place lorsque un incident sanitaire ou environnemental qui a entraîné des pertes est constaté.

Il est préparé par la section spécialisée qui est concernée (ou par la section commune pour les incidents à caractère transversal) et doit être approuvé par le conseil d’administration du  FMSE.

Le programme est élaboré dans les conditions prévues aux articles R361-58 et D361-68 du code rural et de la pêche maritime. Il contient une estimation du nombre d’agriculteurs bénéficiaires et la description des modes de calcul des montants d’indemnisation, ainsi que le montant total de l’indemnisation prévu.

Il est présenté à l’Etat pour être agréé et bénéficier des cofinancements publics. L’agrément est accordé après avis du Conseil national de gestion des risques en agriculture (CNGRA).

Lorsqu’un programme d’indemnisation est agréé, le FMSE peut indemniser les pertes subies dans les 12 mois précédant l’agrément du programme.

Les indemnités sont financées par les cotisations et par les crédits publics. Les cotisations doivent couvrir au moins 35% des dépenses d’indemnisation ; l’État ou l’Union européenne (via le Fonds européen agricole pour le développement rural) remboursent jusqu’à 65% de ces dépenses.